Os principais sintomas da intolerância a lactose são borborinhos (aumento de ruídos abdominais), dor tipo cólica, inchaço abdominal, gases e diarreia.

A intensidade da intolerância varia de uma pessoa para outra. Os sintomas geralmente começam 30 minutos a 2 horas depois de comer ou beber alimentos que contenham lactose. Muitas pessoas tem uma intolerância parcial e são capazes de beber pequenas quantidades de leite, especialmente se ingeridos com outros alimentos. Já outros tem intolerância total e não conseguem ingerir nada que contenha lactose.